มีหน้าที่ความรับผิดชอบในพื้นที่กลุ่มลุ่มน้ำอื่นๆ นอกเหนือจากลุ่มน้ำ ๑-๓ และลุ่มน้ำระหว่างประเทศ  ดังนี้

  1. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อการวางแผนและกำกับดูแล การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำฤดูฝนและฤดูแล้ง รวมทั้งจัดระบบสารสนเทศทรัพยากรน้ำ       ในระดับลุ่มน้ำ
  2. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อสนับสนุน การกำหนดนโยบาย มาตรการ หลักเกณฑ์และแนวทางการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ  ข้ามลุ่มน้ำ การผันน้ำระหว่าง    ลุ่มน้ำ ทั้งในภาวะปกติและภาวะวิกฤตอย่างเหมาะสม
  3. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อกำหนดเกณฑ์ กำกับดูแล การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำผิวดินและน้ำใต้ดินให้เหมาะสมและสมดุล
  4. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อกำหนดพื้นที่เสี่ยงภัย การบริหารความเสี่ยง        แนวทางการแจ้งเตือนภัยและกรอบแนวทางการจัดทำแผนป้องกันและแก้ปัญหาภาวะน้ำแล้ง แผนป้องกันและแก้ปัญหาภาวะน้ำท่วม
  5. ศึกษา วิเคราะห์ เพื่อประเมินปริมาณน้ำหลาก การจัดการน้ำท่วมและการระบายน้ำด้วยแบบจำลองและระบบตัดสินใจในระดับกลุ่มลุ่มน้ำ
  6. ตรวจสอบ กลั่นกรองและเสนอความเห็นเกี่ยวกับการอนุญาตและเพิกถอน   การอนุญาตใช้น้ำประเภทที่สาม รวมทั้งแผนป้องกันและแก้ปัญหาภาวะ        น้ำแล้ง และแผนป้องกันและแก้ปัญหาภาวะน้ำท่วมในพื้นที่ลุ่มน้ำและ        กลุ่มลุ่มน้ำ ก่อนเสนอต่อ กนช.
  7. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย เพื่อการวางแผนและสนับสนุนการกำหนดแนวทาง    และมาตรการในการฟื้นฟูและอนุรักษ์ทรัพยากรน้ำ
  8. สนับสนุนและให้คำปรึกษา แก่คณะกรรมการลุ่มน้ำ หน่วยงานของรัฐและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นเกี่ยวกับการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ
  9. ติดตามและประเมินผลการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับกลุ่มลุ่มน้ำ         การใช้น้ำประเภทที่สาม รวมทั้งจัดทำรายงานสรุปสถานการณ์น้ำรายฤดู
  10. ให้คำปรึกษาเกี่ยวกับการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำและประสานแผน     บริหารจัดการลุ่มน้ำให้เป็นไปตามนโยบายและแผนแม่บทการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ
  11. ปฏิบัติงานร่วมกัน หรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย